去除宿主 DNA 的微生物组分析

---- 曾经是奢侈的服务，现在已经成为了主流技术。

宿主 DNA 去除：WGS 新一代测序技术

曾经被认为是一项耗资数十万美元和无数小时的奢侈服务，由于成本和效率的惊人改进，它正迅速成为样品识别的优选技术。

随着微生物组学领域的不断发展，全基因组测序（WGS）的吸引力也在增强，它利用基因组片段的平行测序来快速确定生物体的完整 DNA 序列。当应用于微生物组样品时，WGS 可以识别微生物物种之间的菌株水平差异。此外，测序成本大幅下降，从 27 亿美元的人类基因组计划到今天的 1000 美元基因组。由于其增加的可及性，样品中存在的生物的全面覆盖以及鉴定新基因组的能力，WGS 现在是用于微生物样品鉴定的现实且理想的选择。

含量最高的的宿主 DNA（污染 DNA）

微生物组学对我们越来越重要，生活在人体内和身体上的微生物时刻都在影响我们。而用鸟枪测序评估人类微生物组的主要挑战是存在 “污染” 微生物组样品的人类宿主 DNA。

在临床样品中，例如皮肤拭子或生物体液，WGS 结果主要是来自人类基因组的序列。尽管测序费用显着下降，但这种类型的宿主污染通过减少产生的相关数据量已经抵消了这种益处。因此，在测序之前去除宿主 DNA 的方法对于充分解读 WGS 同时最大化相关数据至关重要。

采用减法运算的加法

为了克服宿主 DNA 污染的挑战，Zymo Research 使用 HostZERO 微生物 DNA 试剂盒重新设定了 DNA 提取过程。该宿主 DNA 消除试剂盒使用一种新方法，通过在总 DNA 纯化之前选择性裂解人类细胞并降解该 DNA 来减少污染宿主 DNA 的量。HostZERO 微生物 DNA 试剂盒配合最精确的纯化技术，可确保从生物样品中的活微生物细胞中独家捕获 DNA。

这项新技术将唾液样品中人类 DNA 的存在从未处理样品中的 64.5％ 减少到处理样品中仅 0.8％（图 1）。此外，HostZERO 技术可以纯化保留细菌 DNA，而不会偏向容易裂解的细胞（图 2）。随着宿主 DNA 的和纯化中的偏倚减少，HostZERO 微生物 DNA 去除试剂盒通过允许更多的测序读数集中于微生物 DNA 来增强 WGS 的能力。

图 1. HostZERO 微生物 DNA 试剂盒有效去除宿主 DNA。
使用来自供应商 Q 和 M 的微生物 DNA 试剂盒或 HostZERO 试剂盒处理相同的人唾液样品。通过实时 PCR 评估纯化后的 DNA 的三份样品。DNA 的组成以相对细菌和人类 DNA 丰度表示。对照样品用 ZymoBIOMICS DNA 微生物试剂盒处理，该试剂盒从样品中提取总 DNA 而不去除宿主 DNA。


图 2. 使用 HostZERO 微生物 DNA 试剂盒处理的样品中保持微生物属组成。
用 HostZERO 微生物 DNA 试剂盒和来自供应商 Q 和 M 的试剂盒处理相同人唾液样品的一式三份。使用靶向 V3-V4 区域的引物进行 16S rRNA 基因靶向测序分析 DNA。对照样品用 ZymoBIOMICS DNA 微生物试剂盒处理，该样品从样品中提取总 DNA 而不会去除宿主 DNA。
 

充分解读 WGS

随着 WGS 的价格持续下降，越来越多的微生物组分析项目正在转向宏基因组测序，以揭示环境甚至临床样本中的微生物物种。但是，如果不进行额外的样本处理，来自人类的 DNA 样本所含的宿主基因组的 DNA 可能是来自样本微生物群的两倍，这会浪费宝贵的测序信息。创新的 HostZERO 微生物 DNA 试剂盒可有效消耗宿主 DNA，同时保持生物样本的微生物特征。将 HostZERO 的宿主 DNA 消耗与 WGS 的巨大数据生成能力匹配，为生物样品产生最高质量和最大容量的宏基因组数据。

产品名称
HostZERO Microbial DNA Kit  
货号 D4310
更多产品信息可与我公司咨询 13302085668 

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