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如何在 3.5 小时内完成无核糖体核酸总 RNA 文库
人阅读 发布时间:2019-11-26 16:24
让 RNA-Seq 制作变得简单
与 Truseq® 文库准备相比,来看减少 100 个步骤可节省多少时间。
1、节省 6 小时以上,简单的文库制备试剂盒
Zymo-Seq 无核糖体核酸总 RNA 文库试剂盒较大限度地减少了生成 RNA- seq 总文库所需的试剂和步骤。
(1) 在一天之内将样品送到测序仪,简单的 RNA-Seq 文库制备工作流程
(2)大大缩短动手时间,比 Truseq® 减少 60%
与 TruSeq®Ribo-ZeroTM Gold 相比,使用 Zymo-Seq RiboFree 总 RNA 库试剂盒明显减少了移液步骤。 易于操作步骤可让用户在一天之内从收到 RNA 样品到送测序。
2、Probe-free rRNA 去除 与任何生物体兼容
任何样品类型使用一个试剂盒,使任何库不含核糖
无核糖体核酸可以从任何样本中去除 rRNA。配对末端测序是在含有 ERCC spikein - Mix 1 (Life Technologies) 的总 RNA-Seq 文库上进行的,无论是否进行无核糖体去除。使用 STAR aligner 对准各自的基因组进行 alige。Read 类是使用 Ensembl GTF 基因生物类型和 RepBase 重复掩码注释的组合来定义的。每个注释类重叠的读取数除以该库中的总读取数,即可计算出每个注释类的读取百分比。
3、35x 少偏表达式配置文件 消除靶外核糖消耗
Zymo-Seq RiboFree 总 RNA 库试剂盒中使用的新型无探针技术可显着减少受 rRNA 去除(基于 Ribo-ZeroTM Gold 探针的去除)或 mRNA 富集(Universal Plus poly(A)下拉)影响的基因。
免探针,无偏,无核糖,准确的 rRNA 去除
与供应商 i [基于探针的 Ribo-ZeroTM Gold] 和供应商 NG [poly(A)富集] 不同,RiboFree 去除保持了天然表达谱。配对末端测序是在含有 ERCC Spike-In Mix 1(Life Technologies)的通用人类参考 RNA(Invitrogen)制备的文库上进行的,无论是否去除 rRNA。每个文库的测序深度约为 3500 万次读取,并使用 STAR aligner 将读取对与 hg38 人类基因组对齐。用 deseq2 软件包应用 apeglm 作为对数折变收缩相关,确定 rrna 去除对 20004 个蛋白编码基因中的哪一个和转录物中的 ercc 峰有显著影响(p.adj<0.05)。显著受影响的转录本在散点图中表现为彩色点。
RNA-Seq 试剂盒比较表
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